Theo báo cáo của Đại hội Đoàn toàn quốc lần thứ XI (2017) thì Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh hiện có khoảng 6,4 triệu Đoàn viên trên tổng số khoảng 23,6 triệu thanh niên Việt Nam (từ 16 - 30 tuổi)[5]. Theo BBC thì tại Thành phố Hồ Chí Minh, thành phố lớn nhất Việt Nam, vào năm 2005 có khoảng 70% thanh niên đang đứng ngoài hàng ngũ Đoàn Thanh niên Cộng sản (khoảng 390.000 Đoàn viên trên tổng số 2,3 triệu người từ độ tuổi 16 đến 30)[6]

Cơ quan lãnh đạo cao nhất là Đại hội Đại biểu toàn quốc. Cơ quan lãnh đạo của Đoàn ở mỗi cấp là Đại hội Đại biểu hoặc Đại hội Đoàn viên ở cấp đó. Giữa hai kỳ Đại hội cơ quan lãnh đạo là Ban Chấp hành do Đại hội Đoàn cùng cấp bầu ra. Giữa 2 kỳ họp Ban Chấp hành, cơ quan lãnh đạo là Ban Thường vụ do Ban chấp hành cùng cấp bầu ra.

Ngoài ra, để khằng định cho sự lãnh đạo tuyệt đối của Đảng đối với công tác Đoàn cũng như tạo điều kiền để các đồng chí cán bộ Trung ương Đoàn là Đảng viên được sinh hoạt Đảng, trong hệ thống tổ chức của Đoàn đã thành lập Đảng bộ Trung ương Đoàn tương đương tổ chức Đảng bộ cấp huyện trực thuộc Đảng ủy khối cơ quan Trung ương, đồng chí Lê Quốc Phong hiện là Bí thư Đảng ủy Trung ương Đoàn.

Hệ thống tổ chức của Đoàn được tổ chức từ Trung ương xuống cơ sở.

• Cấp cơ sở gồm Đoàn cơ sở và Chi đoàn cơ sở
• Cấp Huyện và tương đương
• Cấp Tỉnh và tương đương
• Cấp Trung ương